InDesignでは以前から、行頭位置「^」が置換文字列と置き換わらないバグがありました。
置換文字列に通常のテキストではなくて「クリップボードの内容」を指定すると、行頭の１文字目が消失します。
こちらも以前のバージョンから修正されていませんね。見出しなどに対してインラインを挿入する時によく使うテクニックなのに残念です。
回避方法としては：
検索：^(.)
置換：~c$1
などとすればいいんですが、気持ち悪すぎます。「すべてを置換」もできたりできなかったりだし。
InDesignのバグってもう直らない運命にあるのでしょうか...